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新しくなっているようなので、アップデートしてみました。
まず、本家サイトでダウンロードして、ローカルでzipを解凍し、「phpMyAdmin-2.9.0」フォルダを「phpMyAdmin」に修正してFTPでまるごとアップロードします。

次のように、<pre>中のテキストを改行ごとに取り出し、全体を<ol>でくくり、行単位で<li>を付加することで実現します。